在国内，兖州煤业的主要客户大部分位于华东地区，其余客户则位于华南和华北地区。兖州煤业主要利用铁路、公路直接付运煤炭予客户，同时也会利用水路运送产品。兖州煤业通过自有铁路网可以连接到第三方铁路，或者直接运送煤炭予邹县电厂。

兖州煤业亦使用第三方铁路运送煤炭至日照港，并转运至客户。日照港是本公司的主要海运港口。兖州煤业亦使用京杭大运河运送煤炭至位于大运河所经之客户，主要是江苏和浙江等地。在山西省，兖州煤业利用贯穿山西能化所属的天池煤矿所在地的阳涉铁路，再用货车把煤炭运送到河北省、山东省及周边地区。在内蒙古自治区，兖州煤业利用包神铁路和货车，把安源煤矿和文玉煤矿所采煤炭运送至河北省及周边地区。

菏泽能化拟建设自营铁路，以连接赵楼煤矿和国家铁路。目前菏泽能化主要通过汽车把赵楼煤矿所产煤炭运往国家铁路和客户。

在澳大利亚，兖州煤业使用澳大利亚第三方铁路网向纽卡斯尔港和格拉德斯通港等运输煤炭，然后再通过海运出口至韩国、日本和其它目的地。兖煤澳洲拥有纽卡斯尔煤炭基础设施集团（NCIG）27%的权益，NCIG是一家负责纽卡斯尔港第三方出口码头建设和运营的合资企业，当NCIG设备实现其最大设计容量时，港口吞吐能力可达到每年6300万吨。另外，兖煤澳洲拥有昆士兰省的维金斯岛煤炭出口码头控股有限公司5.6%的权益。2014年兖煤澳洲公司拥有约1400万吨港口配额。